Năm 2021, tiền thân của Bộ môn Dược học cổ truyền là Phân môn Y lý- Dược học cổ truyền thuộc Bộ môn Y học cổ truyền lúc bấy giờ là bộ môn thuộc Trường Đại học Y Dược Cần Thơ. Phụ trách Đào tạo Đại học, Sau đại học, Đào tạo liên tục. Ban đầu nhân sự gồm:TS.BS. Trần Văn Đệ, ThS. BS. Châu Nhị Vân, ThS. BS.GVC. Lê Thị Mỹ Tiên, ThS. BS. Nguyễn Phú Lộc. Trưởng Phân môn là ThS. BS. Châu Nhị Vân.
Năm 2023, Bộ môn Dược học cổ truyền thuộc Khoa Y học cổ truyền được thành lập ngày 12 tháng 12 năm 2023 với cơ cấu nhân sự được liên tục phát triển về số lượng và chất lượng với nhiệm vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học nhà trường giao.