Nhằm không ngừng cải tiến và nâng cao chất lượng đào tạo, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ thực hiện công tác tự đánh giá chất lượng giáo dục chương trình đào tạo thạc sĩ ngành Nội khoa, Ngoại khoa, Nhi khoa, Răng Hàm Mặt, Dược lý và Dược lâm sàng, Y học dự phòng và Kỹ thuật xét nghiệm y học.