Tạp chí Y Dược học Cần Thơ của Trường Đại học Y Dược Cần Thơ đã được Bộ Thông tin và Truyền thông cấp giấy phép hoạt động báo chí theo Quyết định số 102/GP- BTTTT ngày 10/04/2015 và tháng 07/2015 đã được Cục Thông tin Khoa học và Công nghệ quốc gia cấp Mã số chuẩn quốc tế ISSN số 2354-1210 ngày 16/07/2015.

Ngày 06/7/2020, Hội đồng Giáo sư nhà nước đã công bố Quyết định số 18/QĐ-HĐGSNN ngày 30/6/2020 về việc phê duyệt Danh mục tạp chí khoa học được tính điểm năm 2020. Tạp chí Y Dược học Cần Thơ đã được phê duyệt vào danh mục của các hội đồng giáo sư ngành Dược học từ năm 2020.